2005年4月19－21日，应中国三峡总公司邀请，并为配合中国工程院“三峡库区及上游水污染防治战略”咨询项目的研究工作，由中国工程院工程管理学部组织，以中国工程院副院长沈国舫院士为领队的17位来自工程管理、水利工程及环境保护等领域的中国工程院院士对三峡工程进行了考察。
　　院士考察团听取了中国三峡总公司关于三峡工程建设管理、工程建设进展、重大技术创新、枢纽及水库运行、三期工程建设安排、三峡工程环境影响评价与保护措施、三峡水库移民安置等方面的汇报，考察了三峡三期工程、左岸电站、双线五级船闸和梯级调度通信中心，还考察了三峡库区和秭归新县城，深入了解了三峡工程建设进展、三峡水库的水质状况、坝区移民安置及其生产生活条件，最后与中国三峡总公司就三峡库区水污染防治、生态环境保护和工程建设管理等共同关心的问题进行了座谈和讨论。
　　院士考察团对三峡工程取得的建设成就给予了高度评价。沈国舫副院长说，三峡工程建设胜利在望，在工程技术和管理上均达到了很高的水平，反映了中国人完全有能力建设一流的世界级工程，振奋了中华民族精神，体现出社会主义的优越性。今后应总结经验和加强舆论宣传，对社会公众关心的水电开发、水库水质、鱼类保护、移民安置等问题进行释疑解惑。其他院士也畅所欲言，他们指出，中国三峡总公司正处于管理转型的关键时期，为了发挥更大的综合效益，要做好人才的培育和转型工作，在管理理念、管理机制、运营机制、管理方法等方面有所转变，要高度重视协调、可持续发展和企业发展战略的柔性，以适应快速变化的市场环境。院士们还对三峡库区及上游水污染防治应注意的重点问题及应对策略，生态环境保护与发展经济之间的协调兼顾，三峡工程安全防护及开发旅游资源等方面提出了有益的建议。
　　中国三峡总公司总经理李永安表示，院士考察团不辞辛苦，深入三峡工地进行调研考察，在工程建设、运行管理及如何处理好水电开发与环境保护的关系等方面，都提出了许多宝贵的意见。中国工程院及时开展三峡库区及上游水污染防治项目的研究工作，具有重要的战略意义。要解决长江的水污染问题，需要贯彻“源头治理和综合治理”的方针，从立法、管理、体制、政策、提高全员环保意识等多方面进行综合治理。为此，他建议，要对三峡库区及上游水污染现状进行科学深入地调查研究，研究从源头处理的措施，有效控制库底污染、工业、农业和生活污染、船舶污染等污染源，要从政策、机制上解决好已建污水处理厂、垃圾处理厂的正常运营问题，由国家授权有资质单位在库区建立生态环境保护的“动态监测、信息反馈、及时发布”的系统，并应形成一个全流域统一规划、协调管理的机制。